肥料可分成化學合成肥料（化肥）和有機（類）肥料，這兩類肥料又分別包含了各種不同種類的肥料品種。所謂有機（類）肥料指的是一類包含有機物質的肥料，目前商品化的有機肥料主要包括商品有機肥、商品有機無機復混肥、商品生物有機肥、商品有機無機生物復混肥（商品全元生物有機肥）以及商品有機液態肥。二十多年前，人們通常講的有機肥料就是農家肥料，如人畜禽糞尿肥、秸稈肥、綠肥、人工堆肥或漚肥等，它們都是非商品化的有機肥料。但是，隨著社會經濟的快速發展，農村已經沒有勞動力去施用傳統的農家肥料，而且農家肥料培肥土壤的效應遠被化肥當季增產的效果所淹沒，施用農家肥料已經成為一件非常稀奇的事情。然而，如果一直施用（往往是過量施用）化肥，尤其是過量施用化學氮肥，就會導致土壤酸化、土壤結構破壞、土壤微生物區系破壞和生物活性低下、農產品品質下降和風味喪失等結果。于是，我國一方面繼續大力推廣施用傳統農家肥料，如種養結合、秸稈直接還田等；另一方面，開始大力扶持商品有機（類）肥料產業發展，將農業有機廢棄物集中處理制成腐熟堆肥，或進一步加工制成各種商品有機（類）肥料產品。近年來，隨著國家政策的引導和農業綠色現代化的發展，有機肥產品以其改良土壤、恢復地力及循環利用廢棄物等優勢效果愈發受到歡迎，農戶的使用意識及市場接受度不斷提高，成為了肥料行業新的發展方向之一。
對此，在今年兩會期間，全國政協委員、中國農業生產資料流通協會會長楊建平接受記者采訪時這樣說到：“中國經濟發展進入新階段，對農業也提出了新要求。而農資行業為了滿足、適應這個需求，要做一些調整。這其中，有機肥是近來來發展比較快、表現比較好的一個產品類型。”
據楊建平介紹，有機肥在保障國家糧食安全、提升土壤有機質和促進種養循環方面發揮著重要作用，但現行有機肥的標準還存在不太有針對性和不切合實際的地方。“所以今年我和全國政協常委王俠同志根據調研的情況，提出調整有機肥料行業類別并加大政策支持的建議，希望有利于行業的長久發展，也對現代農業和有機農業起到促進作用。”
據悉，“關于調整有機肥料行業類別并加大政策支持的提案”中主要有兩個方面的建議：
一是參照《產業結構調整指導目錄（2019年本）》調整國民經濟行業分類，將有機肥料及微生物肥料制造調整到農林類。
根據《產業結構調整指導目錄（2019年本）》，“秸稈肥料化利用”、“有機廢棄物無害化處理及有機肥料產業化技術開發與應用”、“畜禽養殖廢棄物處理和資源化利用（畜禽糞污肥料化）”等均納入“第一類 鼓勵類 一、農林類”進行管理。而在《國民經濟行業分類》（GB/T4574-2017）中，有機肥料制造明確為“來源于動植物，經發酵或腐熟等化學處理后，適用于土壤并提供植物養分供給的，其主要成分為含氮物質的肥料制造”。
由于畜禽廢棄物中有機物含量一般高于氮磷鉀含量，以有機養分資源為主，不屬于傳統意義上的化學原料和化學制品制造，再加上有機肥的加工制造環節沒有典型的化學反應過程，不涉及化工行業的高溫、高壓、防腐、易燃易爆等化學生產裝置。因此，將有機肥料制造列為“化學原料和化學制品制造業”類別顯然不科學，建議調整到“A 農林牧漁業”門類中。
二是按照農林、環保、社會公益類企業予以扶持，更好地推動畜禽養殖廢棄物資源化利用。
有機肥對于促進種養循環和農業綠色發展具有重要作用，且有機肥企業以消納農業廢棄物為主，具有一定的環保和公益性質。建議將有機肥企業納入農林類進行登記、管理和監督。特別是環保監督方面，允許有機肥企業在原料收集時，在各種設備苫蓋、密閉完善的情況下，合理的短距離運輸。
在土地使用方面，建議將以畜禽養殖廢棄物為主要原料的有機肥生產企業用地納入土地利用總體規劃。有機肥生產企業多數規模小，效益差，建議繼續執行納稅人生產銷售和批發、零售有機肥料、有機無機復混肥料和生物有機肥免征增值稅，同時對以農作物秸稈、畜禽糞污等為原料生產的有機肥企業進行補貼，給予生產用電、運輸等方面的優惠。
“今年政府工作報告也提出，準確貫徹新發展理念，加快構建新發展格局，推動高質量發展，這些對農資行業、對農業來說都有很好的指導意義。”楊建平強調，現在農業發展在產量增長的同時，結構要調整，品質要提高，要滿足不同人群的不同需求，有機肥就是結構調整、品質提升有力地推動力量。“所以我認為有機肥從長遠看應該要加大扶持的力度，推動健康有序發展，為農業加力。”發展有機（類）肥料產業意義重大施用有機肥料是提高土壤肥力的主要途徑之一。土壤是農業生產的主要自然資源，作物生產從根本上可以說是土壤生產。高肥力土壤由于其微生物活性高，具有更強的消除環境污染的能力，從而使突發性污染事件不至于立即或更大程度地污染農產品、甚至進入食物鏈而危害人類健康。高肥力土壤還由于其協調土壤水肥氣熱的能力強、養分供應持續和穩定、土壤微生物和酶活力強等，能使農產品品質和風味顯著提高，蔬菜和水果保鮮期顯著延長，這是有機培肥、生產“好吃食物”的理論依據所在。只有施用有機肥料，才能使自然界養分循環利用得以實現。目前我國每年產生的農業有機廢棄物資源折算成氮磷鉀養分約6000萬噸，其中農田利用的不足一半，還有相當大比例的農業固體有機廢棄物養分資源散失在環境中，而我國每年用于作物生產的化肥折算成氮磷鉀養分約5400萬噸，若將上述有機養分資源充分利用，大概可以節省我國一半左右的化肥養分投入，這是一個巨大的養分資源。施用有機肥料有利于環境保護。我國水體環境的富營養化，主要來自固體有機廢棄物向水體的排放，農田化肥養分的排放只占很小比例。我國各湖泊水體環境富營養化程度目前還是十分嚴重，對于太湖、滇池、巢湖、洞庭湖、鄱陽湖等湖泊來說，截斷有機和無機養分向水體輸入是唯一能實現防控水體富營養化的途徑。而發展有機（類）肥料產業，在肥料產業發展中保護水體環境，這是一個集肥料產業、土壤培肥和水體環境保護、作物優質高產等諸方面共贏的偉大事業。發展生物有機肥是確保發展高效農業的關鍵途徑之一。生物有機肥料指的是一類包含特定功能的微生物菌種、并且生產工藝上有一個二次固體發酵階段的特殊有機肥料，它克服了傳統概念上的生物肥料（實際上是生物菌劑）的缺點，即菌種含量高但沒有有機載體或有機物很少，僅作為一種接種劑，正是由于沒有有機載體，這些生物肥料（生物菌劑）施入土壤后功能菌不能在土壤中有效定殖，更談不上發揮作用。而生物有機肥料施入土壤后，通過足量的有機物質給外源功能微生物提供足夠的能源物質，使這些外源功能微生物在土壤中易于定殖和繁殖，待作物根系生長后分泌大量根系分泌物，這些已經在土壤中定殖的外源功能菌就能趨化至根表和根際，實現根際微生物區系的調控，發揮根際有益菌活化養分、刺激植物根系生長和拮抗土傳病原菌等作用。科學施用有機肥料應解決重金屬和抗生素及抗生素抗性基因問題有機肥料（這里指的是腐熟堆肥）除了速效養分不夠、當季作物增產不明顯的缺點外，還存在一些其他缺點。例如，利用畜禽糞便制造的腐熟堆肥中有害物質的問題最受關注，為了更好地利用有機肥料，要注重源頭控制、無害化處理等，科學合理利用有機肥。基于環境保護、資源利用及市場接受的角度，當前重要的有機肥肥源是集約化養殖場的畜禽糞便、作物秸稈和農產品加工下腳料，這三大組分復配后經過高溫好氧堆肥處理，轉變為具有商品性狀的普通有機肥和其他功能型有機（類）肥料產品。商品有機（類）肥料產品中的有害物質主要來自畜禽糞便，其種類和含量差別很大。但人們總體關注的有害物質包括兩大類，一類是重金屬（包括類金屬，以下簡稱重金屬）；另一類是抗生素及抗生素抗性基因（Antibiotic resistance genes，簡稱ARGs）。由于能夠促進動物生長、提高飼料效率和控制與治療疾病，微量重金屬元素（如鋅、銅、砷等）和獸用抗生素如喹諾酮類、β-內酰胺類、大環內酯類、磺胺類和四環素類抗生素等被長期添加于飼料中，在全球范圍內廣泛應用于集約化畜禽養殖業。但飼料中添加的重金屬元素和抗生素不能在動物體內完全吸收代謝，大部分以“原形”隨糞便、尿液排泄出來，畜禽糞便中銅、鋅、砷等微量元素和抗生素的含量與飼料中這些元素和物質的含量直接關聯。動物腸道微生物中自然含有較高豐度和多樣性的ARGs，抗生素的使用有可能促進ARGs在動物腸道中的豐度或多樣性。為了達到以畜禽糞便為原料制造的商品有機肥的安全施用，除了從源頭上控制養殖飼料中重金屬元素和抗生素的安全添加量外，另一個有效途徑就是在畜禽糞便農用之前，對其進行處理，最大限度地去除或者安全轉化畜禽糞便中的重金屬和抗生素與ARGs。高溫好氧堆肥處理是畜禽糞便無害化和資源化的有效途徑，其目的是使堆肥原料中不穩定的有機物通過高溫好氧發酵而逐步降解和轉化為性質穩定、對作物無害并可改良土壤的堆肥產品。在堆肥過程中，重金屬不能被微生物降解，可降解有機物在微生物作用下分解和合成穩定的腐殖質及揮發性物質，從而導致堆肥物料的總質量下降，重金屬含量相對濃縮。普遍認為堆肥中重金屬總量不能準確地反映重金屬的潛在環境影響，而重金屬的生態環境效應與其生物有效性密切相關，重金屬的化學形態比其總量更值得關注。堆肥過程對于多種重金屬元素表現為鈍化作用，這是因為堆肥過程是有機物料在物理化學與微生物作用下共同完成，是一個復雜的動態好氧發酵過程，有機物經過快速分解和轉化，逐步形成復雜而又穩定的腐殖質類物質，這些物質能夠與重金屬元素發生螯合反應，有效結合、鈍化這些元素，如堆肥處理后交換態銅、鋅的含量和分配率均降低，說明好氧堆肥對重金屬具有一定的鈍化作用，使重金屬生物有效性降低。對有機肥的施用應該考慮其中的重金屬含量、有機肥施用量和土壤年最高承載量，因為重金屬具有累積性，長期施用會在土壤中積累，而具有超出土壤容量的風險。盡管土壤自身是抗生素和ARGs的豐庫，但我們也需要重視通過有機肥施用引入土壤中的抗生素和ARGs的環境風險。從源頭減少重金屬、抗生素和ARGs進入養殖業是防范有機肥施用帶來環境風險的重要措施，我國目前已有相關規定如飼料添加劑安全使用規范，關于獸用抗生素的使用量和使用種類的規定〔《中華人民共和國獸藥典（2015年版）》和《獸藥質量標準（2017年版）》〕等來保障有機肥原料的安全。另外，開展有機肥質量控制標準、堆肥工藝參數優化和標準化的研究，對于指導有機肥料的安全生產和施用也非常重要。
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